Project Manager - Mantener estructura de carpetas / Retain Folder Structure

Me gustaría que se incluyese dentro de la opción de "Project Manager" que al copiar los archivos a un nuevo directorio, se mantuviese la estructura de carpetas del proyecto original. No es muy practico el sistema actual de tener todos los archivos en una misma carpeta y sin ningún orden. Con el problema que conlleva también cuando hay archivos que se llaman igual en la estructura original de carptas y al copiarse todos los archivos a una misma carpta, estos se renombran para no ser pisados, no sabiendo que archivo es cual.

Gracias,