toda vez que eu grifo algo no arquivo ele vai salvando uma nova copia eu queria que ele só atualizasse o mesmo arquivo, pq se não ficam várias cópias do msm

Eu abri um pdf no acrobat para estudos, porém todo vez que eu grifo uma nova informação o aplicativo salva uma nova cópia do arquivo em vez de só atualizar o arquivo inicial, então vão ficando muitos arquivos salvos. Eu gostaria de saber se tem como configurar o aplicativo para que ele só atualize o arquivo inicial.