Je ne l'ai jamais essayé, mais en faisant un test rapide, j'ai ouvert le fichier d'export des paramètres utilisateurs avec un éditeur de texte et j'y retrouve le nom d'une requête personnalisée de rechercher-remplacer. Je dirais donc que oui. La meilleure façon d'en être certain est donc de le faire réellement.
Ceci dit, même si recherches personnalisées ne sont pas importées, il faut savoir qu'elles sont stockées sous forme de fichiers xml. Sur un Mac, elles se trouvent ici : /Users/tonnomd'utilisateur/Library/Preferences/Adobe InDesign/Version 19.0*/fr_FR/Find-Change Queries. À l'intérieur de ce dossier se trouvent des sous-dossiers (GREP, objets, texte, etc.)
* le numéro varie en fonction de la version d'InDesign