indesignで複数ページの文書を作成する際、１ページにつき１ファイルのデータをillustratorで作成し、.aiデータをを配置することの是非について。

雑誌のように、それぞれのページが高度にデザインされ、文字や画像の配置と図形などのデザイン要素のレイヤーの上下関係や位置関係が複雑に関係するデータを作成する際の質問です。

indesignの機能のみでこのようなページのデータを作成することは困難であるため、ページごとに.aiファイルを作成し、indesignでそれらのデータを配置する、というデータ作成が現実的であると考えるのですが、一方で、indesignのデータ作成として好ましくない要素（リンクファイルの中のリンクファイル、indesignで編集が不可能なテキストデータなど）を多分に含んでいるように感じます。
本来はデザイン素材をillustratorで作成し、それ以外の画像やテキストはindesignで作成、最終的な配置調整もindesignで行うのが一番主流な使い方かとは思うのですが、そのような使い方ができない複雑なデータの場合はどのように作業を進めればよいのでしょうか。

また、それならば無理にindesignを使わずとも、illustratorだけで完結させるべきという意見も想定されますが、ページ管理やノンブルの都合上、indesignを使った編集が前提の作業となります。

近頃ＳＮＳでは、「各ページをイラレで作って貼り付けただけのインデザデータに辟易している」といった言説を見かけます。
印刷所の都合なども含めて、好ましいデータ作成の方法についてお教えいただけますと幸いです。