Hola!
Resulta fácil si los RGB son muestras de color. En este caso, para sustituir un color por otro, sencillamente selecciónalo en el panel de muestras y arrástralo al bote de basura. InDesign te preguntará si quieres reemplazarlo con otro. En tal caso, le dices que sí y eliges el color 100% negro K.
No es tan fácil cuando no hay muestras definidas. En un caso así, no hay un "buscar y reemplazar" que puedas aplicar. Lo que sí puedes hacer es crear un perfil de comprobación que detecte colores en RGB. Así, dejas que InDesign los encuentre y tú los reemplazas con el correcto.
Finalmente, puedes exportar un PDF como el PDFX-1a, el cual cambiará todos los RGB a CMYK. Lo único es que no tienes control sobre el proceso y pudiera haber un poco de inconsistencia en los negros que exporten.
P.D. ¿Sabías que hay un foro en español para InDesign? 
Sorry folks for answering in Spanish but I just wanted to give Gudygg a quick answer before she heads over to the Spanish forum. 