レンタルサーバー(Xサーバー)でレスポンシブ対応HTML5で動画配信をしたい。

元の（Premiere Elementsコミュニティ）の書き込みを拝見しましたが、映像が出ないファイルの直接の原因は、インターレースになっていることだと思います。

以下余談ですが、一連のワークフローの中で「編集とエンコード」を一つのソフトで完結させるのではなく、「編集」と「エンコード」を分けて考えるとよいと思います。

例えば、テレビアニメやドラマ、大手のネット配信業者の自社制作コンテンツなども、編集後いきなり放送や配信形式にて書き出すのではなく、高画質の原版を作成し、そこから用途別に変換・エンコードを行います。

Premiere Elementsで編集なさったものは、Premiere Elementsにて最高の画質の設定で「完成原版（マスター）」を書き出し、その原版からエンコードソフトでWebサーバからのプログレッシブダウンロードに適した形式に「エンコード」するという感じです。

今回のケースは、おそらくWebサーバからMP4コンテナの映像を単純なプログレッシブダウンロードさせたいということかと思いますので、Premiere Elementsから「インターレース」ではなく「プログレッシブ」で書き出せばiPadで再生できるのではないかと思います。

（Premiere Elementsで書き出したMP4ファイルがFaststartになっているかは未確認ですが……）

※非常にややこしいですが、「プログレッシブダウンロード」と映像形式の「プログレッシブ」は、全く異なる意味です。

パソコン向けとモバイルデバイス向けのH.264のエンコードについては、レベルやプロファイル、GOP間隔などある程度知識がないとなかなか難しいので（YouTubeやVimeoなどなどは、サービス側で再エンコードされるのでユーザーはあまり意識しなくてもよいのですが）、専門書やコーデックの解説サイトなどをご参照いただくとよいのではないかと思います。