内容は変えていないのに、出力後のファイルサイズが異なる

保存はできますね～。

PDFのバージョンは変更されないんじゃないかしら…？

詳しいことはまったくわからないのですが，Excelが作成したPDFをコピー（保存）する際にAcrobat Readerが不要と判断した記述を省いたり，逆に必要な情報を付加したりしているように思います。根拠はないです。すみません。

PDF の保存、表示、および検索（Adobe Acrobat Reader） 

Acrobat Readerで「名前をつけて保存」はできないと思うのですが。

それはさておき、ファイルサイズが異なる理由ですが、主に次の2つがあります。

1. PDFファイルのバージョン

　PDFファイルにもアプリケーションと同じくバージョンがあり、それによって圧縮のアルゴリズムが異なるため、ファイルサイズが異なります。一般的にはバージョン1.3よりもバージョン1.7の方が高圧縮でファイルサイズが小さいです。

2. 作成時のオプション

　PDFファイルは保存方法や含める内容、画像圧縮の方法など、作成時に多くのオプションがあります。それによってファイルサイズが異なります。

特に2. について、Excelの場合はどうかというと、図の赤で囲った部分から設定できます。

中身はおおよそ次のような感じ（わかりやすくするため正確な表現ではありません）。

このようにExcelだけでもいろいろなファイルサイズのPDFファイルを作成できます。

（仮にAcrobatだとしますが）Acrobatの方はもっと多くの設定項目があり、また（圧縮率など）Excelの設定項目と一致するわけではないので、ほとんどの場合に同じファイルサイズにはなりません。