Configurar parámetros de conversión de PDF a Excel (separador de miles y decimales)

Tengo un cliente que pagó la suscripción anual de la utilidad de exportación de PDF que habilita a Acrobat Reader a exportar de PDF a otros formatos.

Puntualmente quiere exportar de un PDF a Excel pero con esta utilidad no aparecen las opciones para configurar la manera de convertir los separadores de miles y las comas decimales. El resultado es que considera los puntos y las comas como separador decimal y esto distorsiona los datos. 

En Acrobat Pro, si se encuentra la opción y hace bien la conversión. 

No encontré la opción ni en el reader ni en el servicio web. Alguien resolvió antes este problema?

Adjunto muestro el pdf original y el resultado de la exportación