ログイン項目に残ってしまいます

アンインストールした経緯も不明なので前後関係も気になるところではあるのですが……。

ただその項目はOSのシステム設定の話になるので、そこはアプリケーションレベルの話ではなくなってしまうところです。

なのでAppleのサポートで解決策を出してくれないといけないところだと思います。

また実際にデスクトップアプリケーション等の起動は行われてしまう状態なのかと、設定がONのままなのでOFFにした場合はどうでしょうか。

何も動作的に起きないのであれば気にしないことで考える他ない気はします。