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Illustrator CS6 で保存を試みたところ、デフォルトがSVG 圧縮(*.SVGZ)だったのでそのまま保存したところ、すべてのテンプレートレイヤーが消滅してしまった。残ったレイヤーもすべて「レイヤー 1」の中に収まってしまいそこから取り出せないようにレイヤーの属性が変わってしまったようである。とても落ち込んでいる。是非とも編集時の状態に戻したい。
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元々がSVG圧縮の書類を開いたのであれば、保存形式のデフォルトがSVG圧縮になりますね。他のケースは考えにくいかな。
ショックは大きいかもしれませんが、もう元に戻す方法はないので、気持ちを切り替えて、作り替えるなり、作り直すなりするのが良いかと思います。
その際、Illustratorの編集状態がすべて保存されるネイティブ形式(.ai)で別名保存してから作業されることをオススメします。