オーバープリントの再現方法

このPDF、下のものはCMYKで構成されたオブジェクトになっています。この状態だとExtGStateに記述されたOPオペレータのフラグが適用されます。一方、上のものはと言うと、カラースペースがDeviceNに変換されているんですね。

オブジェクトカラースペースの間接参照にはCMYK ColorantのBlackとして記述されています。この状態のデバイスはPDFの仕様上OPオペレータのフラグは無視されます。

これは元データの構造に由来するものです。

Illustrator側の、ファイルメニューにある「ドキュメント設定」を開いてみてください。

そこにある「出力で白のオーバープリントを破棄」があり、それがONになっていると思います。

白オブジェクトにオーバープリント設定がONになっている場合、PDF互換aiファイルでも、このチェックが有効なので、PDF部分の白オブジェクトはオーバープリントが無効になります。

そのため、InDesignでもそこから書き出したPDFでも、その部分は単なる白抜き扱いになりますから、その状態なのではないでしょうか。

逆に確実に白のオーバープリントを残す場合は、このチェックを外せば結果に反映されます。

（もっとも、それがトラブルになることが多いのでこの設定が設けられたのですが）