カットしたクリップが全て元素材の始めからになっている

Premiere Pro v23.4をお使いでしたら、バグの可能性がございます。

直近ではこういったご投稿もございます。

解決済み: 文字起こし後オフラインメディアのリンクを行うとタイムコードが反映されない（PremierePro23... - Adobe Support Community - 13808032  

最新の情報はまだ確認しておりませんが、すでにアドビの内部でも把握している問題で開発チームに伝わっているそうです。私自身はまだ問題に遭遇しておりませんが、早く解決することを願っております。

Relinking Clips After Changing Filepath Moves Clip... - Adobe Support Community - 13803353  

現状の回避策は、上記2つのリンク先にもあります通り、v23.3へのダウングレードかXML経由かといったことになるようです。

お早うございます、films.edit さん

まず、OSとそのバージョン、Premiere Proのバージョンを教えて頂けますか。

私、初めて知る症状ですで全くの推定ですが、

◆「環境設定のリセット」を試してみます

下記はPremiere Pro v23.4の場合です。

①「Creative Cloud Desktop」ウィンドウをデスクトップ画面の左半分に移動します。

②「Creative Cloud Desktop」ウィンドウでPremiere Proの「開く」をクリックします。

③直ちに、「Ctrl」キー（Windows）、「Cmd」（macOS）のキーを長押しします。

④2～3数秒後に、「Creative Cloud Desktop」ウィンドウの裏側に「オプションをリセット」ウィンドウが表示されます。「Ctrl」または「Cmd」キーは離します

⑤このウィンドウをクリックして前面に表示させ、「アプリの環境設定をリセット」にチェックを入れ、「続行」をクリックします。

⑥Premiere Proが起動します。「ホーム」ウィンドウに表示されていたプロジェクトは消えてしまいますので、「プロジェクトを開く」から対象のプロジェクトを読み込みます。

※「環境設定をリセット」は、カスタムプリセット等は削除されますので、作成してある場合はバックアップを取ってから行ってください。

※上記でうまくいかない場合は、「オプションをリセット」ウィンドウで「メディアキャッシュファイルをクリア」にチェックを入れ再度試してみてください。

※詳細は下記リンク「起動時のリセットオプション」項をご覧ください。

機能の概要 | Premiere Pro（2023年2月アップデート） (adobe.com)

◆自動保存ファイルを読み込んでみます

自動保存ファイルは、デフォルトではプロジェクトファイルが保存してあるフォルダーの階層下にある「Adobe Premiere Pro Auto-Save」フォルダー（下図赤枠部）に、15分間隔で保存され直近の５個が保存されています。
そのうち、日付時刻の新しいファイルを読み込みます。ダメだったら次に新しいファイルを読み込みます。だめだったら同様に続けます。
読み込めてOKの場合、名前の後のハイフン以下数値の部分を削除して（元のファイル名と同じにして）、保存します。