動画の結合(同期)について

お書きいただいた情報ですと、その「２つの動画ファイル」に連続した「タイムコード」が記録されていないと、なかなか難しいのではないかなと思います。

（勝手な想像ですが、監視カメラ映像のようなカメラ固定で、かつ画面に時間情報の焼き付けは無く、ファイル分割のタイミングによっては被写体に動きが無い、といったものを想定しております。）

私が必要に迫られてそのような素材をつなぐときは、V1とV2に両方の素材を重ねておおよそタイミングを合わせておき（時間的に少し重なるようにします）、V2の不透明度をを50％にして諧調を「反転」させて1フレずつ動かし、完全な灰色になったところが合致点と判断します（シーケンスのリニアカラー合成はOFFにします）。

これは、カメラ画像にはほぼ必ず乗っているノイズ成分のランダム性を利用したものですが、とにかく手間がかかるので、数が多い時には不向きですね。

そのファイルが出力される環境の仕様次第で、何か良い案が出てくるかもしれません。その開発元と相談できれば一番だと思うのですが、もしそのシステムが一般的なもの（メーカーサイトで誰でも仕様が見られるもの）でしたら、どういったものなのかお書き添えいただけると、どなたか詳しい方からの返信が付きやすくなるのではないかと思います。