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詳細な情報とファイルのご提供ありがとうございました。
簡単なシーケンスで検証してみたのですが、私の手元の環境では症状が再現しませんでした。
最初に添付していただいた画像を拝見しますと他のトラックにも素材がありますので、それらの組み合わせが影響している可能性もあるかもしれません(何らかの不具合で、FILLの緑とその補色が出ているなど……)。
ProRes 4444に変換してみたファイルを添付してみましたので、こちらで症状が出るかご確認いただくといかがでしょうか。
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透過MOV(アルファ付きMOV)を書き出しした際のアルファチャンネルの種類(合成チャンネル マットあり/ストレート マットなし)や、使用したコーデック(ロスレス圧縮、ProRes4444など)は、どのようなものでしょうか?
もし差し支えございませんでしたら、とても短いファイル(5フレーム程度)で構いませんので、After Effectsで書き出したファイルを添付していただきますと、解決につながるヒントが得られるかもしれません。
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検証していただきありがとうございます。こちらで試してみたところ症状が出ませんでしたので、AEでコーデックを変更しつつ試してみたいと思います。
ありがとうございました。