私はこの手のことに明るくは無いのですが、なかなか返信が付かないようなのでわかる範囲で返信してみます。
パーティションごとの編集単位は、その名の通りMXFの中の論理的な区切りであるパーティションひとつに何フレームの映像を格納するかということかと思います。
XDCAM 50M 60iのMXFですと、デフォルトで300フレームになりますので、ひとつのパーティションは10秒の映像で構成されているということになるかと思います。
この設定を変更する必要があるケースですが、残念ながら私が調べた範囲では納品仕様などでこの値を指定している例は見当たりませんでした。
おそらく、映像制作の現場でこの値を変更する機会は無いと考えて良いのではないかと思います。
（特定の再生機で不具合が起きたときなどに、検証のため変えてみるということはあり得るかもしれません。）
ちなみに、Windows版のPremiere Pro v24.1からの書き出しでこの値を変更しようとして数値を入れても「0」に戻ってしまい、50秒の動画を書き出したところパーティションは1つになってしまいました。
デフォルトでは300になるので、50秒の動画で5個のパーティションができます。
Media Encoderでは問題なく設定でき、600に設定すると50秒の動画で3つのパーティション（最後の1つは300
フレームで構成）となりました。
技術的には、１パーティションあたりのフレーム数が少ない方が、フレームのサーチなどでデコーダーの負荷が軽くなるといったことがあるのかもしれないと思うのですが、一般向けの内容ではないこともあってネット上などで容易にアクセスできる資料ではきちんとした説明が見つけられませんでした……。
【1/29追記】
投稿時、「少ない方が」という部分（下線付き部分）が抜けていましたので、修正いたしました。
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