psdファイルをIN/ONに合わせてインポートする方法

＞IN/ONとは全く違う範囲で並んでしまいます。

この症状は、シーケンスのインポイントもしくはアウトポイントのどちらか一方が無視されるようなものでしょうか。PSDなど静止画は、あらかじめ設定に合わせてイン点とアウト点が打たれているので、ソース側の編集点が優先されて（シーケンス側が無視されて）いるのかもしれません。

もしそうでしたら、「環境設定」->「タイムライン」の下の方にある「ペースト範囲の調整ダイアログをリセット」を押下してから「OK」ボタンを押下して環境設定から抜けて、その後に操作をお試しいただくといかがでしょうか。

そうしますと、PSDファイルをシーケンスに上書きやインサートしますと「ペースト範囲の調整」ダイアログが出てきますので、お望みのオプションを選ぶことで適切な動作になるのではないかなと思います。