エクセルに変換すると一つのシートにすべて変換される・セルが分割

Acrobat Reader自体は他の形式に変換する仕組みがありません。

よって、実際に何で行っているかの確認が欠かせないところです。

またAdobe製品の場合は変換自体はベストエフォートであることが前提です。

（といっても他社製品でもその点が変わるとは思えないところです）

ページ単位でシート変換すると、シート数がとんでもない数になりかねないと思います。

（100ページあったら100シートになってしまう）

セルの結果についても同様で、そこは自動的な認識です。

必要な状態への変更は個別に行う必要があります。