スキャナーでスキャンした２枚以上のpdf資料を個別に分けることはアクロバットリーダーでできますか？有料になっても構いません。

Macのみの話で恐縮ですが，「２枚以上のpdf資料を個別に分ける」というのが例えば２頁１ファイルを１頁２ファイルにするということだとしたら，プレビュー.appで行うことができます。商業印刷には向きませんが閲覧・プリンタ出力用途なら。

Readerでは編集機能はありませんから、それを行うには製品版Acrobatが必要です。

ちなみにAcrobatでも、事前にページを複製（別ファイル化してから再結合）したうえで、

それぞれのページでトリミングを行うということになってきます。