ライセンス許諾についてですが、多数のPCへキッティングして展開する際のライセンス許諾は、複数のグループ会社に跨る場合グループ会社内のPC管理部門が許諾を受ければ良いのでしょうか。

Acrobat Readerの再配布申請、ということであれば、下記文書が実際に案内されているすべてと考えていいでしょう。

Acrobat Reader ヘルプ | Acrobat Reader の再配布： Acrobat Reader を配布することは可能ですか？

メディア同梱で配布することも許諾されているので、不特定先への配布も可能という扱いにはなるはずです。

もし各社サーバへインストーラーを保管しての取得型配布であれば、完全に万全を期すのであれば

各社の管理者などが個別に再配布申請を提示したほうが確実だと思いますがどうでしょうか。