印刷時におけるサイズ設定について

「合わせる」を選んだ場合は、選択しているプリンターの印字領域に合わせた縮小です。

よって、A4サイズの文書をその設定でA4の用紙に出力しても、やはり縮小されます。

（これを原寸で印刷する場合は「実際のサイズ」にしないといけないということになります）

よって、元のPDFのサイズと出力先のプリンター印字領域の組み合わせで、結果として縮小率は変わることになります。

倍率数値としてはサムネール部分の左上に出ているので、その確認を行いながら対処、ということにはなります。

ただ、逆に自動的な処理を行うということだと、位置合わせは一切考慮しない、という考えでもあったりすると思います。

印字内容・目的にもよるところなのですが、もし「印字がずれないよう」にするなら、むしろ「実際のサイズ」や「カスタム倍率」を使うしかないような気がしますがどうでしょうか。

ふつうに考えると，ページサイズがまったく同じPDFを特定のプリセットで出力している場合は，常に同じ拡大率・縮小率になるはずですが，かなり違って出力されてしまいますか？　

また，「印字がずれる事象」というのは出力機側の用紙送りの際の物理的なずれのことではないですよね？

その辺の話は，前提として，具体的な説明があったほうがよいと思います。

AdobeReader側が「合わせる」対象としているのは，おそらく，プリンタドライバが規定する印刷領域の寸法ではないかと思います。