文字の間隔が勝手に変わる

Acrobatの編集処理だとしても、テキストに関しては各キャラクタが位置情報を持つ状態からブロックで編集する際に配置情報が自動的に整えられるために編集箇所より前の部分も配置が動きます。
これは、PDFというフォーマットが持つ構造上の問題で、最大限保持するには外部編集機能に頼らざるを得ません。
PDFの編集というのは様々な制約がありますので、多くの場合、PDFを発行した元々のアプリケーションに戻って修正する方が安全で効率が良いです。

Acrobat Readerのフォーラムに投稿されていますが、合っていますか？

もしコメント（注釈）機能を使った場合のことでしたら、見た目を整えることはほとんど無理だと考えたほうがよいように思います。