色の設定や解像度

これは元のソフトや書き出し設定周りを明確にしないと何とも言えません。

Acrobat Readerでの話でもないですし、その「生成される部分の仕様次第」ということになってしまうところです。

とりあえず印刷用途ということであれば、公開されている「PDF&出力の手引き」のほうで、相応に細かい情報としての確認は行えます。

PDF&出力の手引き2025

あと「2色データがCMYKになっている」は、ケースによってはCMYKプロセスカラーの4版のうち、2版で作るようなケースはあるので、その場合にはCMYKベースのデータになることはあります。

解像度の低下はPDF作成時に設定されているダウンサンプル設定によって起きることはありえます。

いずれにしても防止する場合は元の作成者の方が各種機能や設定を確認・変更することと同時に、印刷出力の場合はそれにあったデータ作成を適正に行っているかどうかになってきます。