After Effectsの保存フォルダの構成について教えてください。

AfterEffectsも下記で質問をされチエル内容と同じ構成で問題ないと思います。

https://community.adobe.com/t5/premiere-pro%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%BC%E3%83%A9%E3%83%A0-discussions/premiere-pro%E3%81%AE%E4%BF%9D%E5%AD%98%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%92%E4%BD%9C%E6%88%90%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6%E3%82%A2%E3%83%89%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%B9%E3%81%8A%E9%A1%98%E3%81%84%E3%81%97%E3%81%BE%E3%81%99/m-p/12903950#M46119

AeもPrもご自身がプロジェクトファイルから素材までを管理しやすいように整理するのには特に決まった方法はないのでお好きな形で大丈夫です。

自分の場合はPrをAeを共に同じプロジェクトで使う場合はどういうつフォルダに保存しているので、

同じプロジェクトであればAeだからPrだからといって分けずに同じ場所に保存するのがわかりやすいと思っています。