CCを立ち上げたら「現在プラグインがシステムで使用できません。」とメッセージが出ますが放っておくとどんな不利益があにますか。また、どのようにすれば治せますか

その通りです。不親切な会社ですね。

何のCCか、というのがあるので、それだけでは判断ができないのではないかと思います。

タイミング的にはデスクトップアプリケーションの更新と合っているところではあるものの、

それ自体の影響かもわからないところです。

なお質問される際はOSやアプリケーションといったバージョン情報や具体的な状況など、

誰でもわかるように内容を記載したり、必要に応じてスクリーンショットを掲出するようにしてみてください。

スクリーンショット内には個人情報の類が映らないような配慮はお願いします。

下記のジャパンフォーラムの使い方なども参考にしてください。

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