illustrator cs６ を使用しているのですが、ファイルの新規作成で新規ドキュメントプロファイルが見つかりませんと表示されます。どのように対処すればよろしいのでしょうか？

新規ドキュメント設定の画面は表示されますか？

表示されない場合は、

　おかしいなと思ったら：Mac OS 版 Illustrator CS6　

　おかしいなと思ったら：Windows 版 Illustrator CS6

に掲載されている、不具合時の対処方法をお試しください。

この画面が表示された場合、「プロファイル」のところをプルダウンして「プリント」や「基本RGB」などのプリインストールされているプロファイルを選択できますか？

選択できれば表示（アラート）はでなくなると思いますが、それでも表示される場合は上記の「おかしいなと思ったら」を実行してみてください。