アフターエフェクトを起動すると以下のような警告がでます どのように対処をすればよいでしょうか？

ざっくりと説明します。

メーカー「Nvidia」が開発した「CUDA」という名前のアーキテクチャがあります。

ひとまずは「グラフィックスカードの力で処理能力を向上させる機能」くらいに考えて下さい。

この機能を使うためには「CUDA対応のグラフィックスカード」と「CUDAドライバー」のインストールが必要になります。

ただし、まず前提として「Nvidiaが開発したCUDA対応のグラフィックスカード」がパソコンに搭載されていることが必須です。

CUDA対応のグラフィックスカードかどうかは判別が必要になりますので、ここで少し質問させて下さい。

・AfterEffectsのバージョンはいくつでしょうか（CS6、CC2014など）

・ご利用のOSはなんでしょうか（Windows7、MacOS10.9.5など）

・搭載のグラフィックスカードはなんでしょうか

※グラフィックスカードの調べ方はこちらです。

Windowsの場合：パソコンのCPU、内蔵グラフィックの世代確認方法がわからないのですが？｜Q&A

Macの場合：グラフィックカード確認方法（Mac） | Support | Dirigent

「CUDA対応のグラフィックスカード」がPCに搭載されているのであれば、CUDAドライバーというソフトウェアをインストールすることで警告は消えます。

残念ながら対応外のカードであった場合、CUDAの機能を利用することは出来ませんが、AfterEffectsを利用することはもちろん可能です。

「CPUでレイトレース処理を実行するには～…」というメッセージの下部に「表示しない」という選択肢があるかと思いますので、

チェックを入れて閉じればもう起動時にメッセージが出ることはありません。そのまま利用しましょう。

長くなってしまったのでとりあえずここまでの回答とさせて頂きますね。