頻繁に『ァイル「index.php」は変更されています。PUTする前にファイルを保存しますか？』と表示されます。

同じ現象を再現できないので的を射ていない回答かも知れませんが、あらかじめご容赦ください。

ダイアログの表示については、環境設定＞サイト＞PUTオプションの「PUTする前にファイルを保存」を確認し、チェックが外れている場合は、チェックを入れて「適用」を押してみてください。
これによって表示は行われなくなるかと思います。

PHPファイルのみこのダイアログが出る場合は、サイト設定にある「テストサーバー」の設定が行われていないからかもしれません。DreamweaverはPHPファイルのプレビューに、テストサーバーの設定を使用して表示を行います。リモートサイトのみ設定されている場合は、リモートサイトを複製して、それをテストサーバーとして選択してみてください。

その他、Dreamweaverの編集に使用しているローカルルートフォルダの設定場所が、共有ドライブやDropBoxのようなファイル共有サービス上のフォルダに設定されている場合、意図せずダイアログ表示が行われているのかもしれません。また、希にですがウィルスチェックソフトのような監視サービスが動作している場合、その監視機能をDreamweaverが「ファイルが更新された」と誤認識している可能性も考えられます。もしご利用であれば、サービスを一旦停止して状況が変化するかご確認頂ければと思います。

頂いた情報から思い当たる原因を挙げてみましたが、もし上記で問題が解決しないような場合はより詳細な情報の提供をお願いします。サイトの定義場所やPHP以外のファイルでも同様かどうか、以前からも同様だったかどうか、他のマシンをお持ちであれば、そちらでも同様かどうかなどお書き添え頂けると助かります。

ご面倒かと思いますが、どうぞよろしくお願いいたします。