Web Work PublisherとWork Shop

ヘルプファイルのローカライズをしています。FrameMakerで翻訳データを作成し、FrameMakerのデータをWeb Work Publisherで書き出し、その書き出したデータをHelp Work Shopで編集、コンパイルし、.chmを生成しています。しかし、Web Work Publisherで書き出したデータをHelp Work Shopで読み込むと、データの変換漏れが発生します。ツール自体が2バイト文字に対応していないらしく、目次にあたる部分のデータがかなり抜け落ちた状態で画面に表示されます。もし、同じような問題を抱えている方で、良い解決方法をご存知の方がいましたら、アドバイスをいただければと思っています。
宜しくお願いします。