illustratorでwebデザインをする際のエリア内文字について

おっしゃる通りに左上の座標と文字サイズさえ小数点以下にならないように注意すれば問題はないかと思います。

どちらかというと、ハウツーというよりノウハウの話ですが、私は以下の方な運用をしています。
例えば画像では横600w（座標は適当です）のテキストボックスにH3、H4、とタイトルを入れ続いて本文を入れています。（各文字要素は段落スタイルを使用）（本文の段落間は6ptのマージン）

横幅は600で固定、縦は文字数次第なので自動調整されてなりゆきになります。（外枠には20pxのマージンをつけています）

DSDS1さんのようにタイトルのみや1行のみの文字を入れる場合はポイントテキストでも良いんですが、ボックスにしておくとコーディングの時に位置を決めやすいと思います。

端数の切り捨てと+1pxがどこから出てきたのでしょうか。

日本語組版でベタ組みで考える場合、字詰め長は原則として文字サイズの整数倍基準になるので、文字サイズを小数点以下の数値を持つ文字サイズで行う場合、結果として小数点の切り捨てはできませんし、+1pxを入れるだけの意味もありません。

これは行方向サイズでもやはり同様です（こちらの場合はピッタリに作る場合は「行送り×（行数-1）+最終行の文字サイズ」が基本になります）

もちろん、欧文組版や日本語でのプロポーショナルで組処理をする場合は、字詰め長は整数倍基準ではなくなるものの、字間等がむやみにあかないように考慮が必要です。

もちろんそこに、+1pxは不要です。