@Marvelous_fighter3301 さん、こんにちは。
一連の件、「Mac環境+Illustrator」で、Century Gothic の認識の挙動を調べてみました。
次の動画は、Illustrator V28.77でチェックしていますが、最新の V29.7.1でも同じ挙動でした。
https://youtu.be/wa906s9Twck
※限定公開URLです。
チェックを通してわかったことは次の通りです。
▼Century Gothicを一度も使ったことがないIllustratorの環境では、プロパティのフォントリストにでてこない
▼Century Gothicを含むドキュメント(動画では、Aiファイル)を開くと、フォントリストに認識される
▼一度認識されたら、以降は、他のフォントと同じく使用することができる。新規で作成したドキュメントでも利用でき、Illustratorやマシンを再起動しても、認識したままになる。
▼Illustratorから、Century Gothicをフォントリストから消したいとき(認識していない最初の状態に戻す)には、「Illustratorの環境設定の削除」でできました。
追記:↑これ、なかなかフォントリストから消えなくて、環境設定の削除をする直前で「Macのセーフブート」をして、Mac側のフォントキャッシュを消したので、もしかしたら、「Macのセーフブート」+「Illustratorの環境設定の削除」の両方をしないとだめかもしれません。(今回のチェックに2時間ぐらいかけてるので、もう、それを試す気力は無く……🙇)
▼フォントは、/System/Library/PrivateFrameworks/FontServices.framework/Versions/A/Resources/Fonts/ApplicationSupport/CenturyGothic.ttc
にありました(monokanoさんと同じ)。
ですが、フォントに日付は、MacのOSをインストールした日付になっているので、たぶん最初からここにフォントがあったのでは?と思います。

▼macOS Sequoia に組み込まれているフォント(link↑) の「書類に対応したフォント」に記載がありました。
『以下のフォントは、そのフォントがすでに使われている書類や、そのフォントが名前で指定されているアプリの中でだけ利用できます。一部は、以前のバージョンの macOS や Apple 製アプリに組み込まれていた古いフォントです。』
つまり、OSにはじめから組み込まれているけれど、通常のフォントリストには表示されず、そのフォントが利用されているドキュメントを扱ったときに使えるようになる、ということかなと思います。
ちなみに、Mac環境のWordでは、最初からフォントリストにCentury Gothicが表示されていたようです(インストールしてたけど、今回初めてWord使ったので、たぶん)。
Illustratorは、含まれているドキュメントを最初に開いたときにフォントリストに表示されるようなので、アプリによって、このフォントを認識するタイミングが違うのかも知れません。
以上です。
Marvelous_fighter3301さんの質問をまとめると、
(1)Century Gothicがどこにあるのか知りたいです
(2)Century Gothicが入っているフォルダの役割について聞きたい
(3)インストールされていないフォントがあるのにエラーが出ません(link↑)
だと思います。
回答としては、
(1)Century Gothicは、Mac標準のフォントで「書類に対応したフォント」。以下の場所にあります。
/System/Library/PrivateFrameworks/FontServices.framework/Versions/A/Resources/Fonts/ApplicationSupport/CenturyGothic.ttc
(2)「書類に対応したフォント」が以下のフォントに入っているようです。
/System/Library/PrivateFrameworks/FontServices.framework/Versions/A/Resources/Fonts/ApplicationSupport/
リンク先のAppleドキュメントを見ると
『以下のフォントは、そのフォントがすでに使われている書類や、そのフォントが名前で指定されているアプリの中でだけ利用できます。一部は、以前のバージョンの macOS や Apple 製アプリに組み込まれていた古いフォントです。』
という役割のようです。
(3)エラーが出ない理由は、「書類に対応したフォント(今回は、Century Gothic)」を含むドキュメントをIllustratorで開いた時に、フォントリストに追加され、Illustratorにあるフォントとして認識されるため。
ということになりそうです。
以上、ご参考になりましたら幸いです。
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r360studio Kazue Mori 🦔
(執筆時間:175分)
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<追記>
Marvelous_fighter3301さんの最初の質問の文中にある、
>この状態で別の作業者が作成したIllustratorを修正して保存したら、プレビュー用に保存されたPDFで、Century Gothicの数字が違う数字に変化してしまいました。
>Century Gothicをインストールすることで、この状態は回避できたのですが、インストールされていないフォントがIllustratorで表示され設定もできるのは何故でしょう。
ここが謎のままです。Mac環境なら、↑にアップした動画と同じようになるのでは?と思うのですが、表示されていなかった(文字化けしていた)マシンの「書類に対応したフォント」フォルダはどんな感じだったのでしょう。。。
一応記載しておくと、私のマシンのFont Bookアプリ には、Century Gothicはインストールされていない状態です。

ここが不思議なんですよね。。解決していないことだと思います。