重複オブジェクトの整理方法について

そういうのだと、地理関連のデータ（GIS？）かもしれないですね。

あれのデータも癖が強すぎで、単純見た目な場合は自分で生成しなおした方がマシかもしれないです

誤解を招く表記をしており申し訳ございませんでした。
[重なっているオブジェクトを全選択→一番上のオブジェクトをグループ選択ツールでマウスクリック→キーボードのdeleteキー]で後ろのオブジェクトだけを消せる。
という特に捻りもない手作業を思い浮かべて回答させていただいていました。

スクリプトを使うのであれば、

if (app.documents.length > 0) {
    var doc = app.activeDocument;
    if (doc.selection.length > 1) {
        var selectedItems = [];
        for (var i = 0; i < doc.selection.length; i++) {
            selectedItems.push(doc.selection[i]);
        }
        var topItem = selectedItems[0];
            for (var i = 1; i < selectedItems.length; i++) {
                //最背面でzOrderPositionが無いオブジェクトは例外処理で避ける
                try {
                    if (selectedItems[i].zOrderPosition > topItem.zOrderPosition) {
                        topItem = selectedItems[i];
                    }
                } catch (e) {
                }
            }
        for (var i = 0; i < selectedItems.length; i++) {
            if (selectedItems[i] !== topItem) {
                selectedItems[i].remove();
            }
        }
    }
}

といったところでしょうか。
※上記スクリプトは【レイヤーを跨いだ重なりは比較しておらず、同一レイヤー内の重なりの比較で最前面を検出して最前面以外を削除】なのでご注意ください。

スクリプトをキーボードショートカット等に登録すれば、一手減らせるとは思いますが凄い解決方法を思いついているわけではなく申し訳ないです。

他の形式に書き出すととアピアランスの類はラスターに落ちちゃいますね。ラスターに落ちてもいいのであればIllustrator上でおとしてしまえば良い訳で、あまりメリットは無い様に思います。

基本的にアピアランスが絡んでる場合はIllustrator上で完結させる必要があるでしょう。