Indesignにillustrator書類を配置すると文字表示がおかしくなる

現時点でIllustrator 2025を使わないのは最善です。
それとは別に、今回のような現象は他のIllustratorバージョンでも発生する可能性はあります。その際は下記の手順が有効です。

1. Illustratorの「環境設定 > ファイル管理」にある「バックグラウンドで○○」をOFFにする

2. aiファイルを開いて保存しなおす

詳細

aiファイルの中には「ネイティブデータ」と「PDFデータ」の異なる2種類のデータが格納されています。保存オプションの互換PDFをONにすることで、ネイティブデータと同じ見た目のPDFデータが生成される仕組みです。

この互換PDF生成時に、ネイティブデータと同じ見た目ではない状態になってしまうことがあります。これを回避する方法として、「バックグラウンドで○○」をOFFにするのが最も有効です。

aiファイルをinddにリンク配置した時に、inddで見えているのは「PDFデータ」です。ネイティブデータは完全に認識しません。

InDesignはaiファイルをPDFファイルとしてリンク配置しているのです。

ちなみに今回は文字のアウトラインで逃げましたが、校正プリントアウトで文字太りがあり、アウトラインしない文字との差異が指摘されて困っています。すべてアウトライン化しないといけないといけない状態です。

OSと各アプリのバージョン情報は欲しいところですね。テンプレートもあるので見てみてください。

【質問テンプレート】コピペして使ってください 

山勘ですけど，Illustratorが（.aiファイル内への）PDFの書き込みに失敗しているのではないでしょうか。Illustratorのバージョン固有の不具合，バックグラウンド保存による破損，などが思い浮かびました。

添付画像作成に使用した .aiファイルをAcrobatで開いてみると，どのように表示されますか？