グリーンバックがきれいに抜けません

添付の画像をAfter Effects標準搭載のキーイングエフェクト「Keylight」を使って、グリーンの色を抜いたのが下記画像になります。

JPEG形式で保存されているためか、輪郭線だけでなく塗りの部分にもモアレが発生してシミのようになっています。
画像の作成者に要望を出せるならPNG形式で保存してもらえるように伝えてはどうでしょう。
背景レイヤーの色を黒に変えて修正後、After Effectsから書き出す方法は、コンポジション／フレームを保存　です。

上記の修正方法は、既にグリーンが抜かれた画像を使用しているため、一からキーイングを行う場合では設定や修正方法は異なります。