ペン入力

それだけでは状況が不明瞭なので、回答がつきにくいと思います。

疑問して思いつく部分は少なくとも下記です。

• Photoshopのバージョンや利用OSバージョン
• ペンはタブレット等のペン入力を指しているのかどうか
• ブラシツールを使っての描画なのか
• カラー等の設定は何をしているのか
• 特定のファイルで起きてるのか、それともすべてのファイルで同じなのか

何が起きているかを確認するには具体的な情報はどうしても欠かせないところです。

下記のジャパンフォーラムの使い方なども参考にしてください。

Adobe Japan Forumsへようこそ！