レイヤーの切り分け方

複製元のレイヤーが背面に表示されているせいで複製したほうで削除されているか判断がついていない、という可能性はありますか？

レイヤーのサムネイルである程度は判断つくようになっていますが、

目的外のレイヤーを非表示にすることで、より明確に。

そういう基本的なことではない、ということでしたらassauseさんの投稿を参考にしてください。

具体的な操作手順がわからないので、どのように消せなかったのかも不明です。

OSバージョン、アプリケーションバージョン、そして具体的な手順を明記しましょう。

なおマルチポストも適正とは言えないので、その点も認識しておきましょう。