レイヤーを分けた時、背景色が変わってしまう

外しているかもしれませんが、レイヤー分けのためにカット&ペーストしているとしたら、カット（削除）のときに「描画色、背景色、ブラック、50 ％グレー、ホワイト」のうちの「描画色」が選択されていて、その濃い目の色になっているように思います。だとしたら描画色をLINE画面の青色にしておくか、カット時に背景色（透明）を選択すれば良いのではないでしょうか。