Wordのバージョン、PDFの生成方法、Photoshopのバージョンは書かれたほうがいいでしょう。

また、PDFについてはさまざまな作り方がありますから、それによっても異なってきます。

Windows環境の場合でいえば、思いつくだけでも下記あたりの作り方は少なくとも出てくるところです。

• Word標準のPDF書き出し機能を使う（互換PDF）
• プリンタードライバーでMicrosoft Print to PDFを使う（互換PDF）
• Adobe/MS製品以外のプリンタードライバー型PDF生成ツールを使う（互換PDF）
• 製品版Acrobatを導入しAcrobatタブを使う（Adobe純正）
• 製品版Acrobatを導入しAdobe PDFプリンタードライバーを使う（Adobe純正）

ご友人から預かったPDFということだと、そちらの方にも作り方を確認されてもいいとは思います。

Word側でページに色（白色）を塗るような設定がデフォルトになっているのでははないでしょうか。色要素が何もない部分はPhotoshopで開いたときに透明になるはずです（たぶん）。