自由変形の範囲がおかしい

今回のケースだとバウンディングボックスがカンバス外にまで及んでいることから、

たぶんレイヤーを左にズラせば右端にがっつり絵柄が出る可能性はあります。

この場合は「そうなんだ」という知識があるだけで解決ですね。

同様の理屈で、上のほうにも何かあると思います…

そうでない場合、

たとえば消しゴムツールで消しきれていないカスのようなピクセルを探す時などは、

自動選択ツールの許容量を 0 に、

オプションバーの「隣接ピクセルのみをサンプル」をオフ、

　　　　　　　　「合成画像のサンプルカラー」もオフ

で透明部分をクリック

でどうでしょう。

さがすまえ

さがした

また、探したりせず、必要な領域だけ新規レイヤーにコピーして、

元のレイヤーを捨てちゃうのもアリだと思います。