黒と赤で描いた４色混合のイラストデータ複数を、黒はKのみ、赤はMKのみに一括変換する方法を教えてください。

黒と赤のみで描いたつもりのイラストが４色混合になっていることがわかり、ブラックとマゼンタの２色刷り用にデータを作り直すことになりました。

Photoshopをあれこれ触るのは今回が初めてで、ネット検索などして見よう見まねでなんとか作業しています。

RGBで書き出したJPEGデータを開き、プロファイル変換で「カスタムCMYK」を選択、墨版生成を最大にしたあと、シアンとイエローのチャンネルをホワイトで塗りつぶすことでMとKの２色になることがわかりました。

イラストが１００枚以上あるため、バッチで一括作業をしてみたところ、中にはシアンやイエローが数％残っているものがあります。

これを完全に０％にし、マゼンタとブラックのみにするにはどうすればいいですか？

サンプルイラストの黒とグレーはKのみ、赤はMKのみにしたいのです。

（１枚だけの作業ならうまくいくのですが、バッチで処理するとCやYが１〜２％残っているイラストがあります。。。）

チャンネルミキサーのレイヤーを新規に作り、シアンとイエローを０にすると、完全な２色になるのですが、レイヤーを結合しJPEGで上書きするとやはり数％残っています。

納品先からはJPEGでの提出を求められています。

上記以外に効率のいいやり方があれば、そちらも教えていただけると嬉しいです。

どうぞよろしくお願いします。

・CC2019

・MacOS 10.13.1

・元イラストはClip Studioで描きました。