レイヤーの移動が出来ない

質問の文章からだけでは状況を想像するのは困難なので回答が難しいです。
自動選択でレイヤーにしているということは目的のレイヤーは選択されていると仮定しても、そのレイヤーの座標を移動したいのかレイヤーの上下関係を移動したいのかがわかりません。また、レイヤーパレット上で何らかの制限をかけている可能性もあります。どういう処理をしようとしてできないのかをもう少し具体的に説明されて、レイヤーパレットのスクリーンキャプチャも添付されるなど閲覧した人が状況を把握しやすくされた方が的確な改善方法を得られると思います。