アフタエフェクトで書き出すと色が変わってしまいます

取り急ぎ、

>ちなみに水玉の素材はかなり小さいドットのような水玉がたくさんある素材なので、書き出すと画質が落ちて色が変わったりするものなのでしょうか？

こちらの部分につきまして、MP4書き出しはおそらくH.264 4:2:0だと思うのですが、4:2:0という数字（輝度:色差:色差）からわかるように色解像度が低く、非常に小さな水玉（数ピクセル程度）ですと混色で濁りが見られる可能性は十分にあるかと思います。

それプラス、H.264圧縮による劣化で、スポイトで拾う場所のわずかな違いで色が異なるということはあり得ます。

MOV書き出しにてProRes 422 (4:2:2)をお使いですと、4:2:0ほどではないものの色解像度の低下があります。4:4:4の可逆圧縮（劣化しない圧縮）ですと、ビット深度はさておき、オリジナルのままで書き出しできるということにはなります。

ひとまず原因の切り分けのために、コンポジションに水玉と同じ色の平面を配置して、書き出し後と比較していただくといかがでしょうか。

ちなみに……、MP4書き出しではフルレンジ（8bitコード値で0～255）がビデオレンジ（同じく16～235）に変換されます。After Effectsで読み込むと再びフルレンジに変換されます。私自身は検証していないのですが、この過程でも変換誤差でわずかな変化が生じる可能性もあるかもしれません。