チェックボックス制御をずっとワークスペースに表示したい

スクリプトを作って切り替える方法になると思います。

下記のスクリプトを実行すると、スイッチが切り替わります。
１行目のitemの数値はコンポジションの番号とレイヤーの名称を変更してください。
コンポジションを作成した順番が番号になるので、エラーが出る場合は数値を変えて試してください。

var myEffect = app.project.item(1).layer("暗いグレー 平面 1").effect("チェックボックス制御")("チェックボックス");
var myCheck = myEffect.value;
if (myCheck == true){
myCheck = myEffect.setValue(false);
}else{
myCheck = myEffect.setValue(true);
}

スクリプトでボタンとパネルも作れば、常時表示させることもできます。