レンダリング時のCPU使用率が低いのは何故ですか

これ、同じ現象の経験あります。メモリが足りないのが原因です。

上記のように64GBメモリ搭載の場合、9割である57.6GBまでしか割り当てる事が出来ませんが、上記タスクマネージャーを見ると、ほぼメモリをそれだけ使い切ってます。メモリ上に占めるデータ量が多過ぎる為、演算の為のワーキングメモリが取れず、CPUもGPUも作業が出来ないのです。

実際のメモリ使用量が6～7割程度となる規模でメモリ増設すれば、途端にCPUが働き出します。CPUがほぼ100％と成る場合は、逆にCPUがボトルネックになっていますので、CPUのグレードを上げて下さい。

メモリ使用量にもCPU使用量にも2割以上の余裕が出てきて初めて、GPUかHDDがボトルネックになります。そしてその場合は恐らくHDDが先にボトルネックになると思います。

上記の様に、タスクマネージャーの情報を元に、ボトルネックと成る項目を増強していった結果、Ryzen5 3500/RAM16GB　→　Ryzen9 3900X/RAM64GBと成り、エンコード速度が9時間　→　20分となりました。

Adobe製品向けに最適化したパソコンの販売をやっておりますので回答させていただきます。

レンダリング時に、CPUの負荷が低い理由は、必ずしもCPUでレンダリングしないからです。

GPU（グラフィックスカード）でレンダリングする場合にはCPUの使用率は低くなります。

ただ、今回の場合のように１分30秒の動画をレンダリングで予想時間が10時間となるのは異常です。

Adobeソフト側の問題では無いと思われます。

編集でお使いになっているエフェクトのプラグインで、サードパティ製のプラグイン使ってませんか？

それが、マルチコアやGPU処理に対応していない古いバージョンの場合は、レンダリングが遅くなります。

一度確認した方がよろしいですよ。

よくありますね。そういうこと。

AfterEffects 含め、アドビ製品はちょっとおバカなんでリソースをフルに使ってくれません。

マルチスレッドやCUDAに対応していない機能が混在しているため、何がボトルネックになっているかを見つけることが難しいです。

マルチスレッドやCUDAに対応したエフェクトだけを使ったシンプルなプロジェクトならともかく、通常のプロジェクトだとマシンスペックを上げたところで、宝の持ち腐れになることが多いです。

仕様だと思って諦めた方が良いです。

（重いエフェクトは極力使わないようにするなど、工夫するしかありません）

CPUの稼働率が悪いのは、マルチコアに対応してないためです。

CC2015(13.5)以前は「複数のフレームを同時にレンダリング」により、複数のコアと大量のRAMがあれば、CPUの稼働率は上がっていましたが、現在は１フレームづつでも効率がいい方法に変わっているようです。

After Effects CC 2015 （13.5）で使用できなくなった機能

Quadroの場合、After Effectsには当てはまりませんが、NVIDIA調べでQuadroをマルチにするとPremiere proの最終レンダリングが早くなっています。

Adobe Premiere Pro CC – さらにスピーディーなビデオ編集 | NVIDIA

After Effectsのレンダリングに時間がかかるのは、どのようなエフェクトや機能を使っているかによるので、その辺りを書き出してもらうと、良い回答も得られるかもしれません。

例えば、レイトレース3Dや3Dプラグインを使っていると時間はかかると思います。