3Dレイヤーにすると線や塗りのグラデーションが反映されない

After Effects上のCinema4Dレンダラーは、グラデーションやエフェクトには対応していません。

単色で塗りつぶしてから、書き出しメニューにあるMAXON CINEMA4D…を使用してc4d形式のファイルを作成します。
そのc4dファイルを実行するとCinema4Dが起動するので、Cinema4D上で、オブジェクトのマテリアルにグラデーションや画像を設定して保存します。

After Effects に保存したc4dファイルを読み込んでコンポジションを作成すれば、グラデーションのオブジェクトがプレビューに表示されます。

３Dソフトで作成するか、または、Element 3Dなどの３Dプラグインを利用して、別のソフトを使わない方法もよく利用されています。