After Effectsでプロジェクションマッピング

プロジェクションマッピングを制作した事がないので推測になりますが、下記の事項などはAfter Effectsに搭載されていない機能ではないでしょうか。
・正確な３Dモデリング
・プロジェクターと投影する物体までの正確な距離（実寸表示できないため）
・プロジェクターレンズの情報
・プロジェクター複数台使用時のマッピングの管理

＜プラグインまたはCINEMA4D Liteを使えば可能な機能＞
・３Dオブジェクトの配置
・UVマッピング

例えば、箱に投影する場合、平面の中央に映像を映すのは比較的容易ですが、隅々まで映像を配置するのは、正確な位置関係が必要になります。

３Dソフトは必要ですし、UVマッピング用のメッシュをどのように作るかも考えどころです。
下記動画のように車体と壁が一体になったような映像だと、例えば、Blenderの場合 １枚のメッシュを複数のオブジェクトに適用する方法も考えられます。

After EffectsでUVマッピングできるプラグイン「RE:Map」には、「Inverse UV」という特殊なUVメッシュを作成する機能は、Blenderの方法と同じような効果があるかもしれません？

箱などの平面に投影する場合は、位置関係を合わせれば3Dレイヤーだけでも対応できると思います。