イラストレーターversion28.1にアップデートしたら画像リンクの拡大・縮小サイズが正しく表示されなくなった

仕様変更でしょうか…。

JPEG画像は印刷系の作業でも貼り込む可能性があるからよろしくないですねぇ。

手元のIllustrator（Windows10）が22.1，26.5.3，27.9.1，28.1の4バージョンのみなんですけど，調べてみるとPNG画像は26.5.3以降のバージョンで100％表示ではなくなっていました。22.1ではJPEG，PNG，TIFF，PSDすべて100％表示でした。

「極端な縮小%」は，72dpiだった場合の大きさに対してのパーセンテージです，たぶん。200dpiの画像なら，72÷200＝0.36で36％となると思います。