ショートカットの設定 レイヤーの複製をショートカットにしたいです。

Illustratorについてはショートカット内にレイヤー項目は以前からないと思います。

CS6までのいくつかのバージョンを遡りましたけど、いずれもありませんでした。

元々ツールか（プルダウン）メニューに対する設定なので、どちらかにないものだと設定できないものになっています。

（下の画像はCC 2014のもの）

Photoshopのほうにはありますので、そちらと混同しているような気もします。