LightRoomを最新にアップしたらPEF形式のファイルが「lightroomのraw形式のサポートで認識されません」と表示され現像出来ない。

そのK-1ですが、アップグレードサービスでK-1 Mark II相当に内部変更されたものということはないでしょうか。

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また現状のCamera Raw アップデートは4月が最終で、そこにはK-1 Mark IIは含まれていませんでしたから、

現時点では対応していない、ということになってきます。

Camera Raw がサポートするカメラ

Camera Rawの対応は、ケースによっては想起対応される場合はありますが、

原則としては四半期ごとの対応のようですから、即時対応というわけではありません。

よって対応までは待つしかない、ということが実際のところです。