私の手元の環境(Windows)では同様の現象が起きておらず、Macですとアクセス権などいくつか注意点があることはなんとなく存じ上げているものの正確な情報はわからないのですが、お困りの方が3人続けてご投稿なさっているので、思いつくことを返信してみます。
すでにGERONIMOさんが実施していただいた内容と同じかもしれませんが、細かい部分で異なるかもしれません。
1. まず、Creative Cloud Desktopを使用し、Media EncoderとPremiere Proをそれぞれ「開く」ボタン右側の「・・・」ボタンを押下してアンインストールします。その際、「環境設定」は「削除」を押下します。
2.次に、パソコンを一度再起動して、1,2分程度待ってからCreative Cloud DesktopからPremiere Proのみインストールします。インストールが進むと、自動的にMedia Encoderもインストールされると思います。
※旧版のPremiere Proなどがインストールされている場合には「アップデート」ボタンを押下しますが、「以前の設定および環境設定を読み込む」と「以前のバージョンを削除」の２つのチェックは外して「続行」を押下します。
3. Premiere ProとEncoderのインストールが完了したら、Premiere Proを起動します。Macの場合、アクセス権の許可に関するようなダイアログがいくつか出てくると思いますが、内容を確認してすべて許可するボタンを押下して、起動後問題なく動作するか確認します（フリーズしていないか等、最低限の確認でよいです）。
4.Media Encoderを起動し、Premiere Pro同様に動作を確認します。
5. Premiere ProとMedia Encoderをいったん終了し、Premiere Proだけ起動し、書き出しからキューを送る動作が正常に機能するか確認します。
※以上の内容には、必要無い操作も含んでいるように見えると思いますが、一通りお試しいただくことでPremiere ProとEncoderがうまくインストールできるのではないかと思っております。
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