オーディオトランジションをかけたら、その部分の音声が輪唱します

おそらく、トランジションの長さ（デュレーション）が長く、クロスフェードされている間にカットした部分の音声が重なって聞こえているのではないかなと思います。

カットしたポイントのノイズ（波形が急峻に変化することによるプツッといったようなノイズ）を防ぐには、デュレーションは2フレームもあれば十分なので、まずはデュレーションを短くしてお試しいただくといかがでしょうか。

頻繁使用する場合には、環境設定のタイムラインの設定で、オーディオトランジションのデフォルトデュレーションを2フレーム程度に設定しておくと便利だと思います。